История образования севастопольского футбола началась в 1912 году, когда при непосредственном участии севастопольцев был основан Всероссийский футбольный Союз, который в свою очередь стал полноправным членом ФИФА.

В 1923 году в Севастополе появилось первое футбольное поле, а на базе севастопольского морского судоремонтного завода образовалась первая футбольная команда «Южный металлист». С этого начался рост севастопольского футбола. На протяжении многих лет футбольная сборная Севастополя была одной из сильнейших команд в СССР. Проводилось много международных матчей. Также сборная Крыма состояла в основном из севастопольских футболистов.

В 1936 году на базе севастопольского морского судоремонтного завода им. Серго Орджоникидзе образовалась новая футбольная команда "Судостроитель". С неё-то и начался савастопольский клубный футбол, приостановившийся только на некоторое время из-за Великой отечественной войны. Команда выступала в чемпионатах и Кубках РСФСР, а также Крыма, победителем которого стала в 1947 году. В 1949 году севастопольская команда была включена в Чемпионат СССР по футболу среди команд мастеров второй группы.
В 1954 от Севастополя выступала флотская команда СКЧФ, а в 1966-1967 годах «Чайка».

Начиная с 1971 года севастопольские футболисты - уже неизменные участники второй лиги чемпионатов СССР. Лучшим достижением стало шестое место в 1981 и 1982 годах. Тогда тренером команды был известный специалист А.Н. Заяев. Многие севастопольцы выступали за команды высшей и первой лиг, за сборную СССР. Всего во второй лиге СССР севастопольцы сыграли 926 игр, из них 316 побед, 248 ничьих и 362 поражения (забито 1019 мячей, попущено 1095).

Начиная с 1992 года севастопольцы - участники чемпионатов Украины, в которых особых успехов не добивались. В первом же сезоне команда попала в первую лигу, но задержаться там не смогла и опустилась во вторую. Выступая там, наивысшим достижением стало шестое место в сезоне 1992/1993. Далее команда успехов не добивалась. В 1996 году Севастополь на год остался без "большого" футбола. Затем три сезона от Севастополя выступала флотская команда "Черноморец". В сезоне 2000/2001 Севастополь опять остался без футбола.

Он вернулся уже в следующем году, в сезоне 2001/2002. Вернулся в лице "Чайки" ВМС. Вернулся, казалось, чтобы опять уйти. Команда выступала из рук вон плохо, проигрывала матч за матчем. Команда переживала серьёзные финансовые проблемы, зрителей на трибунах становилось всё меньше и меньше. И в итоге заняла последнее место в группе, без права на жизнь. По итогам сезона клуб должен был вновь расстаться с Чемпионатом Украины.
В этом сезоне президентом клуба стал А.Л. Красильников, президент "Крымнефтесервиса", который стал главным спонсором клуба. Он взял на себя все проблемы клуба, рассчитался с долгами.

И именно с этого момента начинается история новой севастопольской команды. В июле 2002 года был зарегистрирован Профессиональный Футбольный Клуб "Севастополь". Команда была сразу зачислена во вторую лигу Чемпионата Украины по футболу. Историю команды было решено начать с белого листа. Тренировать команду был приглашён известный и опытный специалист В.П. Петров. Также был приглашён ряд известных и опытных игроков, таких как Сергей Леженцев, Андрей Опарин, Александр и Геннадий Кунденки, Сергей Есин, Дмитрий Назаров и др. Именно им было доверено строить новую команду.

Первым сезоном в истории ПФК "Севастополь" стал сезон 2002/2003. Начало выдалось очень трудным, не было ещё игровых связей, взаимопонимания между игроками. И, как следствие, четыре поражения в четырёх матчах, самым обидным из которых стало поражение на глазах своих болельщиков в кубковой игре с одесским "Черноморцем" - 0:6.
Первый же успех пришёл в 4-ом туре, 25 августа 2003 года, когда ПФК "Севастополь" в домашней игре победил "Титан" из Армянска. Далее до конца первого круга "Севастополь" на своём поле не потерпел ни одного поражения. Только вот до выездных успехов команды дело никак не доходило. Он пришёл в 13-ом туре, 27 октября 2003 года, когда "Севастополь" добыл первое выездное очко в игре с "Металлургом-2" в Запорожье. А первая выездная победа была одержана уже в 15-ом туре, когда команда, при поддержке своих болельщиков, победила "Кристалл" из Херсона.

На этом закончился первый круг первого чемпионата в истории клуба, а команда заняла 7-ое место в турнирной таблице. И опять настала неясность. В перерыве между кругами из команды ушли братья Кунденки, Д.Назаров, С. Есин, расстались с лучшим бомбардиром клуба по итогам круга К.Сизовым.

Но, как говорится, на этом жизнь не заканчивается. Команда получила хорошую и крепкую финансовую основу, благодаря президенту клуба, президенту Федерации Футбола Севастополя и депутату городского Совета А.Л. Красильникову. Был организован полноценный 72-дневный командный сбор. Был создан ближайший резерв - команда "Авлита", которая выступает на чемпионат Севастополя. Было просмотрено около 50-ти футболистов. Все футболисты, находившиеся на просмотре, обеспечивались жильём и амуницией.
Второй круг начался удачно, с побед. Но всё же потеря такого числа опытных футболистов не могла сказаться незаметно. Середина и концовка круга прошла очень напряжённо, следствием чего явилось 9-ое место по итогам чемпионата.

И всё же ПФК "Севастополь" сделал большой шаг вперёд уже в первом же сезоне и самый главный - на севастопольские трибуны вернулся зритель, а это главное.